viz: https://www.drupal.org/project/drupal/issues/2612160#comment-11767977

do souboru settings.php je potřeba přidat řádky (před a po úpravě nezapomeň nastavit oprávnění souboru settings.php!)

if (isset($GLOBALS['request']) and
'/subdirectory/index.php' === $GLOBALS['request']->server->get('SCRIPT_NAME')) {
$GLOBALS['request']->server->set('SCRIPT_NAME', '/index.php');
}

u WEDOSu:

if (isset($GLOBALS['request']) and
 '/domains/mojedomena.cz/index.php' === $GLOBALS['request']->server->get('SCRIPT_NAME')) {
 $GLOBALS['request']->server->set('SCRIPT_NAME', '/index.php');
 }